表观新修饰-6mA甲基化助力IF飙升(二)
3、数据分析
标准分析:
(1)DNA甲基化富集峰的识别
通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域,默认p <= 1e-5(具体参数以报告为准,云序生物会根据数据,适当调整参数)的峰为统计上显著的甲基化区。
注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率。
(2)DNA甲基化区域富集峰的注释
富集峰识别后,得到的是一堆基因组位置信息,通过生物信息分析利用最邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。
(3)DNA甲基化富集峰区域的在基因中的分布
(4)差异DNA甲基化区域的鉴定(DMRs)与注释
云序生物使用diffReps软件进行差异甲基化区(differentially methylated regions,DMRs)鉴定。默认p-value<0.0001,fold change >=2作为差异甲基化区的阈值。
(5)差异DNA甲基化区的GO(Gene Ontology)与信号通路分析
目的:对差异甲基化基因进行功能分类,并发现显著性富集的功能条目。
(6)DNA甲基化可视化
高级分析:
(1)DNA甲基化位点motif分析
通过序列分析结合生物信息学手段就可确定DNA甲基化修饰偏好序列,找到DNA甲基化特征Motif。
(2)DNA甲基化位点共有和特异性分析
根据注释信息,绘制组间共有和特异性的甲基化修饰位点或基因。
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