新型双压线性离子阱质谱仪给蛋白质组学带来革...（一）
Tonya Pekar Second, Justin Blethrow, Jae C. Schwartz, Vlad Zabrouskov, Thermo Fisher Scientific, San Jose, CA
关键词：
LTQ Velos 线性离子阱，蛋白质学，蛋白鉴定，肽测序、灵敏度、蛋白质组发现者
引言：
对于一个蛋白质组全面的了解是研究动态蛋白质组的基础。蛋白质的鉴定是需要有效、稳定可靠的方法。串联质谱尤其是线性离子阱和基于阱的杂交质谱仪日益成为肽段和蛋白质鉴定的首选。选择此类仪器的主要原因在于该类仪器具有良好的稳定性、重现性、易用性以及良好的一级和二级谱图质量。
在一个蛋白质组体系里，经常会存在一些低丰度不易被质谱仪鉴定到的蛋白，其中某些蛋白还会存在一些动态修饰，就更难被仪器检测到。因此，需要发展更先进灵敏度更高的一切来应对复杂蛋白质组蛋白鉴定的需求。
本篇应用论文主要介绍了用新型双压线性离子阱质谱仪分析复杂、Caenorbabditis elgans(C.elegans)的肽段混合物。比较了新型双压线性离子阱质谱仪与线性离子阱和广泛应用的四级杆-飞行时间质谱仪的性能。
仪器创新
在本篇文章主要测试Thermo Scientific 的LTQ Velos离子阱质谱仪。它包括了一个新型双压线性离子阱和高压环形离子导入装置（S-Lens），如图1所示。
S-lens的射频显著提高了离子注入到质谱仪中，这降低了在线性离子阱中离子累积所需要的时间。
双压阱的第一个池的压力比以前线性离子阱的压力要高，大约在5×10-3Torr，这能够显著提高目标离子的捕获效率、分离效率和碎裂效率。提高的分离效率显著降低了前体离子所需要的时间，所需时间是从前的四分之一。LTQ
Velos离子阱对于在有高丰度干扰离子背景下低丰度前体离子具有较好的选择性，提高了二级质谱分析的动态范围。高压也缩短了碰撞诱导解离所需的时间的67%，同时保持了同样的碎裂效率。第二个池保持较低的压力，大约在4×10-4Torr，可以以较高的分辨率进行快速质量分析。
高捕获效率
高裂解效率
高分离效率
5 × 10-3 氦气
高分辨率、扫描速度
3.5 × 10-4 氦气
图一 LTQ Velos 质谱仪 ，高压环形离子导入装置（ S-Lens ）和 新型双压线性离子阱（不同压力控制）
与新型双压线性离子阱协力合作，在典型的数据依赖模式的串联质谱实验中，在阱里一种新型控制离子累积的方法能显著提高实际的扫描速率。这个功能叫做“预测 AGC ”，去除了每一次串联质谱扫描所做的预扫，基于离子流出和前一次一级质谱全扫描的母离子的相对强度，预测了离子累积所需要的时间。
实验
样品制备
C.elgans 匀浆液的可溶性部分用 pH7.8 的碳酸氢铵稀释，加入 0.1% 的 RapiGest 表面活性剂，解释用二硫苏糖醇在 100 ℃ 还原二硫键，并用碘乙酰胺对半胱氨酸烷基化。样品解释用对 K/R 特异性酶酶切 4 个小时。酶解物质酸化后存放至 -80 ℃ 。在进入反相高效液相色谱 - 串联质谱前用 0.1% 的甲酸稀释。
