新型双压线性离子阱质谱仪给蛋白质组学带来革...（三）

分析测试百科网 > 行业资讯 > 技术原理

新型双压线性离子阱质谱仪给蛋白质组学带来革...（三）

2020.7.20

表 3 四级杆 - 飞行时间质谱仪采集参数

软件平台	Proteome Discoverer
搜索引擎	MASCOT v 2.1
数据库	NCBI, April 2008
最大漏切数目	1
前体离子容忍度	离子阱数据 : 1.4 Da
	四级杆飞行时间质谱数据 : 40 ppm
碎片容忍度	离子阱数据
	四级杆飞行时间质谱数据 : 100 mmu

蛋白质量	不限制

反库搜索	使用

仪器类型	离子阱数据 : ESI-TRAP
	四级杆飞行时间质谱数据 : ESI-Q-TOF
修饰	固定修饰 : 半胱氨酸烷基化
得分	MUDPIT scoring
	蛋白 cut-off: 20
	肽 cut-off: 10
DTA 产生条件	总离子强度阈值 : 100
	最小离子数 : 10
	信噪比阈值： 2 前体离子范围 700 -5000 m /z ( 离子阱 ), 700 -7000 m /z ( 四级杆 - 飞行时间质谱 )

Table 4: 数据分析数据库搜索条件

结果与讨论

LTQ Velos 比 LTQ XL 和 Q-TOF 鉴定到了更多的特异性肽段

图 2 ： 1ug C.elegans 酶解样品在 60 分钟内运行色基峰色谱图比较（上图为 LTQ Velos 双压离子阱质谱仪，下图为四级杆飞行时间质谱仪）

与线性离子阱 LTQ XL 和四级杆 - 飞行时间质谱仪 Q-TOF 相比， LTQ Velos 双压离子阱质谱仪从 C.elegans 的胰酶酶解物中鉴定得到了更多的特异性肽段。有更多的蛋白被鉴定到。图 2 显示的是在 60 分钟的梯度内用反相色谱 -LTQ Velos 质谱仪得到的基峰色谱图，以及用 1200 高效液相色谱 - 芯片分离 - 四级杆飞行时间质谱一得到基峰质谱图。在 60 分钟的分离过程， LTQ Velos 质谱仪比 LTQ XL 质谱仪多鉴定了 67% 的特异性肽段，比 Q-TOF 多鉴定了 165.7% 的特异性肽段，上述结果都是在 3Hz 情况下得到的。在相同的实验过程中， LTQ Velos 离子阱鉴定到蛋白的数目比四级杆 - 飞行时间质谱仪 Q-TOF 多了 240% 。在实验中，鉴定到的蛋白和特异性肽段的数目都是三次重复实验取的平均值，而且相对标准偏差小于 10% 。每一次运行样品，平均百分比都增加了，但并不是所有重复数据都增加了。

图 3 样品： 1ug C.elegans 蛋白胰酶酶解物在反相色谱分离。 LTQ Velos 双压离子阱比 LTQ XL 离子阱和四级杆 - 飞行时间质谱仪能鉴定到更多的特异性肽段和蛋白。图中所示为两个梯度的结果，也标出了每一个仪器的实际采样速率。

方法	Top 6 DDA
	Precursors sorted by abundance 按照丰度排序前体离子
带电量选择	拒绝单电荷
动态排除	Duration: 30 秒 (60 min),
	60 秒 (180 min)
	Repeat count: 1