肿瘤细胞中ecDNA新机制在斯坦福大学致癌基因研究应用-2
（5）EcDNA hubs调控两个癌基因位点的分子互作
上述研究证明ecDNA
hubs可能促进分子间增强子-启动子相互作用。为了验证这些相互作用，作者对人类胃癌细胞系中两种类型的ecDNA进行了研究，一种ecDNA包含来自8号染色体的MYC扩增子，另一种包含来自10号染色体的FGFR2扩增子。用FISH分析表明，MYC和FGFR2
ecDNA在间期中心区共表达。后续作者在细胞上使用H3K27ac
HiChIP来检测增强子-启动子的相互作用。这些结果说明分子间的相互作用对于致癌基因的表达非常重要。
讨论
本文研究发现癌细胞中携带癌基因的ecDNA成簇出现，形成ecDNA
hubs。这种ecDNA
hubs促进了新的增强子-启动子相互作用和癌基因表达。反过来，这些增强子在癌基因间的不同导致细胞间的异质性。此外，ecDNA
hubs可能还涉及不同ecDNA分子上的转录调控元件,这些转录调控元件也可能调控远距离的基因表达。这一发现在ecDNA上的癌基因调控如何有助于致癌基因转录和癌细胞的异质性上有重要意义。
云序生物eccDNA测序
eccDNA测序（别名：Circle-Seq﹑环状DNA测序）是eccDNA检测利器，可以高通量地对检测样品中的所有eccDNA，具有检出率高﹑准确性好等优点。云序生物eccDNA测序采用多种方法高效地富集和扩增eccDNA，简述如下：首先，利用A&A
Biotechnology离子交换柱（云序生物是A&A
Biotechnology品牌全线产品的全国总代理）高效富集基因组DNA中的eccDNA，然后利用核酸酶进一步对富集的eccDNA进行消化除去残余线性DNA。富集纯化后，通过滚环扩增获得大量的eccDNA拷贝,再利用NGS测序高通量地检测样品中所有的环状DNA分子。严谨的实验流程，极大地提高了eccDNA的检出率和检测灵敏度。最后，通过严谨的eccDNA生信流程，实现了对eccDNA准确的识别和详细的基因注释,快速找到癌症、肿瘤等疾病机理研究和诊断的靶向eccDNA。
云序生物eccDNA测序实验示意图
云序生物eccDNA测序优势
1.国内首推eccDNA测序服务
云序生物是国内最早提供eccDNA测序服务的公司，云序在2018年已启动了eccDNA测序技术的开发。迄今为止，我们已经完成上千例样品的eccDNA测序，积累了丰富的项目经验，样品类型涵盖：组织﹑细胞﹑血清﹑血浆﹑尿液等，物种涵盖：人﹑小鼠﹑大鼠﹑拟南芥﹑果蝇﹑酵母﹑非洲爪蟾等。
√ 云序产品1：eccDNA测序
作用：通过NGS测序高通量地检测和识别样品中的所有eccDNA。
√ 云序产品2：eccDNA Outward PCR验证
作用：通过核酸外切酶处理和Outward PCR验证eccDNA的环形结构。
√ 云序产品3：eccDNA Sanger测序
作用：通过金标准的Sanger测序，验证eccDNA特异性的junction位点。
3.专业的生信分析
云序生物对eccDNA进行专业细致的注释，提供eccDNA的染色体信息﹑坐标信息﹑长度信息﹑反式剪切位点信息﹑序列信息﹑对应的基因信息﹑基因的GO条目及KEGG信号通路注释信息等，为后续的研究提供了重要线索和便利。
云序eccDNA生信示例：
1）eccDNA表达和差异分析
eccDNA表达注释 （例子）
2）eccDNA整体统计
Venn图 长度分布 染色体分布
3）eccDNA功能预测
差异eccDNA的GO和KEGG信号通路分析
高质量的数据
云序生物严谨的实验流程和专业的数据分析保证了高质量的结果，eccDNA测序数据与Sanger验证结果完美吻合，实测数据示例如下：
eccDNA测序结果验证
