细胞外RNA提取试剂盒究竟哪家强？
细胞外RNA（exRNA）已成为研究界的新宠。近年来，人们在血浆或血清样本中成功检测到疾病相关的exRNA，使其有望成为非侵入性的生物标志物。然而，从血浆或血清中分离exRNA仍颇具挑战性，这一方面是因为exRNA丰度低，另一方面是因为血液中的污染物会抑制PCR。
商品化的试剂盒能简化和加速exRNA提取过程，已成为循环exRNA研究不可缺少的工具。然而，这些试剂盒的提取效率如何，是否能去除血浆中的污染物，是否会偏向特定的RNA，都没有经过评估，而这类评估对于结果解释和实验之间的比较都很关键。
于是，美国爱因斯坦医学院的研究人员评估了市场上7种常用的exRNA提取试剂盒，分别来自贝克曼•库尔特、Life Technologies、Exiqon、Zymo、QIAGEN公司。他们具体评估了合成RNA的总体回收率、不同大小的合成RNA的回收能力、exRNA产量和纯度，以及纯化后的扩增效率。研究结果发表在《BioTechniques》7月刊上。
（图片来自原文）
在评估总体回收率和大小偏向时，研究人员使用了6种合成的RNA，其长度在200-6000 nt。他们发现，所有试剂盒的回收率都在50%以上。其中，Zymo的两款试剂盒回收率最高，在80%以上。大部分试剂盒都很好地回收了所有长度的RNA，不过miRCURY-Biofluids试剂盒在4000-6000 nt RNA上有明显的损失。这与试剂盒分离<1000 nt RNA的说明一致。
为了比较试剂盒在血浆exRNA纯化上的表现，研究人员利用每个试剂盒进行三次重复提取，之后利用Qubit定量。结果显示，miRCURY-Biofluids、Quick-RNA以及mirVana试剂盒的每毫升血浆的exRNA产量都在30-40 ng，DirectZol和miRNeasy试剂盒在10 ng左右，而MagMAX试剂盒仅产生了4.1 ng exRNA。此外，RNAdvance试剂盒的产量特别高，这可能是由于裂解液污染。
为了评估从纯化的exRNA中扩增RNA的能力，研究人员开展了RT-PCR反应，扩增hsa-miR-16、hsa-miR-150、GAPDH和ACTB。他们发现，利用miRNeasy试剂盒分离出的RNA，很容易扩增出miRNA和mRNA。不过，有些试剂盒在miRNA扩增上表现良好，但却无法扩增mRNA；而有的试剂盒正相反，在mRNA扩增上表现良好。
这项研究表明，尽管这些试剂盒在回收合成RNA上的总体表现不错（回收率≥50%），但一些表现出RNA长度的偏向。血浆的exRNA产量因试剂盒而异，但一些试剂盒可能引入污染。此外，exRNA样品的RT-PCR扩增差异明显，部分原因是样品中存在抑制剂。
最关键的是，大多数试剂盒纯化出的exRNA样品都表现出特定RNA种类的扩增偏向，如Quick-RNA偏向mRNA，而DirectZol偏向miRNA。因此，作者认为，不同试剂盒在不同程度上反映了血浆exRNA的内容，相互之间难以比较。这一发现也有助于解释为何exRNA结果缺乏重复性。
