AFLP分子标记实验
其基本原理是：以PCR(聚合酶链式反应)为基础，结合了RFLP、RAPD的分子标记技术。把DNA进行限制性内切酶酶切，然后选择特定的片段进行PCR扩增(在所有的限制性片段两端加上带有特定序列的“接头”，用与接头互补的但3-端有几个随机选择的核苷酸的引物进行特异PCR扩增，只有那些与3-端严格配对的片段才能得到扩增)，再在有高分辨力的测序胶上分开这些扩增产物，用放射性法、荧光法或银染染色法均可检测之。
一、 实验材料
采用青稞叶片提取总DNA。
二、 实验设备
1.美国贝克曼库尔特CEQ8000毛细管电泳系统，
2.美国贝克曼库尔特台式冷冻离心机，
3.美国MJ公司PCR仪，
4.安玛西亚电泳仪等。
三、 实验 试剂
1. 试剂 ：请使用高质量产品，推荐日本东洋坊TOYOBO公司的相关产品。
DNA提取试剂盒；
EcoRI酶,MseI酶，T4连接酶试剂盒；
Taq酶，dNTP, PCR reaction buffer；
AFLP引物；
琼脂糖电泳试剂：琼脂糖，无毒GeneFinder核酸染料替代传统EB染料；
超纯水（18.2MΩ·cm）
2．其他实验需要物品
微量移液枪（一套）及相应尺寸Tip头,PCR管,冰浴等。
四、 实验流程
1、 总DNA提取
使用DNA提取试剂盒提取植物基因组DNA，通过紫外分光光度计检测或用标准品跑胶检测。一般来说，100ng的基因组DNA作为反应模板是足够的。
2、 EcoR1酶消化（20ul体系/样品） 
3、Mse1酶消化（20ul体系/样品） 
5、 预扩增（20ul体系/样品）
sample 4ul
Primer(Mse1/EcoR1) 1ul
AFLP Core Mix 15ul
* AFLP Core Mix 配方：
ddH 2 O 13.8ul
MgCl 2 1.6ul
dNTPs(2.5mM) 1.6ul
Taq酶(1U/ul) 1ul
10×Buffer 2ul
