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强强联合(脂质组+DIA),IF>10(二)

2020.4.10

5.聚类分析

为了进一步识别人群队列中潜在的相似代谢,基于KODAMA值进行partition around medoids clustering分析,鉴定到4个cluster(A,B,C,D)。

比较有意思的是,不同cluster的PEs的发生具有显著差异,分别是Cluster A:71%,Cluster B:42%,Cluster C:29%,Cluster D:19%,其中cluster D发生PE的可能性最高。

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结论 

通过脂质组和蛋白组实验,研究发现12种PCs,4种LPCs以及凝血途径的PLG在对照组和PEs组具有显著变化,且大多数脂质分子与PLG具有很强的相关性。无监督的聚类分析发现cluster D发生PE的可能性最高。这篇文章揭示了代谢失调可能会引起PEs的早期易感性,并提示这些PCs、LPCs、凝血和补体蛋白之间的相互作用。

小编心得

1.DIA定量准确性接近PRM,可用于靶向检测

相比传统的DDA,DIA新技术覆盖度高、重现性高、定量准确性高,可以达到与MRM/PRM相近的水平。正因如此,在这篇文章中采用的是DIA技术针对22个蛋白进行目标性检测。

中科新生命

2.脂质组学研究难点

●与常规代谢组一样,脂质组学也需要重点考察实验过程中的稳定性和重现性。全面、客观反映数据质量好坏的评价体系至关重要。

●与常规代谢组不同的是:脂质的理化性质比较特殊,其粘附性高,容易出现分离度不理想,色谱峰形差等问题,其对色谱的分离能力要求更高。不理想的色谱分离效果,会导致各种脂质峰之间无法区分,影响质谱的采集效率;而较差的色谱峰形,将影响定量结果的准确性。理想的分离效果是色谱峰在整个洗脱时间段内分布均匀,且峰形对称、尖锐。

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良好的色谱分离效果

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糟糕的色谱分离效果

中科新生命是最早提供代谢组学服务的平台之一,具备中国计量认证(CMA)、iso9001质量管理体系认证等资质。中科新生命脂质组学技术平台建立在LC-MS/MS上,采用包含170万种脂质分子的商业化LipidSearch数据库以及优化的色谱体系,除了提供脂质组相对定量,绝对定量外,还提供一站式的脂质验证服务和多组学联合服务。

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