应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2定量方法...（三）
Peptide and Unique Peptide Identified Using SPS MS3 Quantitation Method among 16 Samples
Distribution of Protein Group Identified and Quantified Using SPS MS3 Quantitation Method among 16 Samples
由上述表格及柱状图可以看出，在16h 小时的时间内，一共鉴定到了2788个蛋白质，其中有2612 个蛋白质有定量信息（即131/127,130/127 均有定量结果），显示了Orbitrap Fusion 优异的定性与定量能力。
4．MS2 定量方法与SPS MS3 定量方法结果比较
4.1 定性与定量蛋白质数目比较
Protein Group Identified by Two Methods
Protein Group Quantified by Two Methods
由上图可以看出MS2 定量方法与SPS MS3 定量方法相比较，前者在定性与定量蛋白质数目要高于后者，由于SPS MS3 定量方法需要将母离子在IT 中碎裂后，再挑选碎片离子去做SPS MS3，因而采集速度会慢于MS2 定量方法，导致定性与定量蛋白质数目都略少。
此外，在样本1-7 以及样本8 中可以看出SPS MS3 定量方法可以鉴定并定量到更多的蛋白质，虽然SPS MS3 定量方法的采集速度略慢于MS2 定量方法，但是由于其蛋白质的定性是使用离子阱进行检测，其灵敏度要高于Orbitrap，而
定量报告离子是高能碎裂下的10 个碎片离子的报告离子强度总和，因而SPS MS3 定量方法与MS2 定量方法相比可以定性与定量到更多的低丰度蛋白质。
4.2 蛋白质定量结果比较
由上图可以看出，MS2 定量比值的log2 值绝大部分在-1与1 之间，而SPS MS3 定量比值的log2 值有部分小于-1或者大于1，与文献报道相一致，MS2 由于受到基质干扰的影响，蛋白质定量比值与真实值相比会有所差异，定量差异偏小。
5．总结
本次实验比较了最新高分辨质谱仪Orbitrap Fusion 使用MS2 定量方法以及SPS MS3 定量方法在定性与定量蛋白质数目以及定量结果之间的差异，在16h 的总检测时间内，MS2 定量方法一共鉴定了3022 个蛋白质，其中有2994 个蛋白质有定量结果，SPS MS3 定量方法一共鉴定到了2788个蛋白质，其中有2612 个蛋白质有定量结果。从结果看，由于MS2 定量方法的扫描速度要略高于SPS MS3 定量模式的扫描速度，因而最终的结果显示前者可以鉴定并定量到更多的蛋白质，但是SPS MS3 定量方法可以鉴定并定量到更多低丰度的蛋白质，此外，由于MS2 定量方法容易受到基质干扰，定量差异偏小，结果不够准确。
