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云序高分文章利器：ctDNA（羟）甲基化测序案例分享

2020.8.18

　　新型肿瘤标志物筛选利器-----ctDNA（羟）甲基化测序

　　cfDNA（Cell free DNA）是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中降解的DNA小片段，是一种新型的分子标记物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿瘤细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。

　　最新的报道表明：ctDNA（羟）甲基化不仅可以作为肿瘤分子标志物，还可用于追溯肿瘤细胞的组织来源。在精准医疗大趋势下，ctDNA（羟）甲基化检测既具有极高的科研价值，又具备推进精准医疗临床实践的巨大潜能，为实现肿瘤临床治疗的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA（羟）甲基化测序，仅凭一管液体就可以进行肿瘤诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等，是里程碑式的新型液体活检技术。

　　云序生物率先推出ctDNA（羟）甲基化测序服务，最低仅需1ng ctDNA即可进行测序。客户仅需提供血浆、血清或体液样本，云序生物为您提供从ctDNA提取、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。

　　图1. ctDNA（羟）甲基化来源

　　最具临床应用前景的分子标志物---ctDNA（羟）甲基化

　　图2. ctDNA（羟）甲基化研究应用范围

　　1.癌症早筛利器：ctDNA（羟）甲基化在癌症早筛领域具有重大研究前景。

　　2.鉴定癌症有效手段：ctDNA（羟）甲基化在癌症、疾病和正常组间存在显著差异。

　　3.助力药物或其他手段治疗效果评估：在治疗过程中，ctDNA（羟）甲基化水平与癌细胞数量呈正比，可用于协助评估用药疗效、复发及治疗后期转移动态的监测。

　　高分文章利器-----ctDNA（羟）甲基化

　　图3. 近年来已发表期刊（部分）

　　图4. 高分期刊评语（ctDNA（羟）甲基化适用于分子标志物）

　　案例解析

　　案例1：ctDNA甲基化可作为肝癌诊断和进程的分子标志物

　　原文：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma

　　期刊：Nature Materials 影响因子：39

　　本篇文章由美国加州大学圣地亚哥分校教授张康与广州中山大学附属肿瘤医院院长徐瑞华团队一同合作完成，通过对比肝癌患者血浆、组织及健康人白细胞中ctDNA甲基化分布情况，发现肝癌患者体内血浆和组织一致性很高。通过1,098位肝癌患者和835位健康者的ctDNA甲基化情况及病理信息为资源库，建立了疾病预测分析模型，结果显示该模型基因的特异性、敏感性与肿瘤状态、诊断反应和时期显著相关（P＜0.001）。与此同时，作者还构建了诊断结果预测模型，该模型的基因可用于预测疾病诊断和生存时期的分子标志物（P＜0.001）。总的来说，ctDNA甲基化作为分子标志物，在肝癌诊断、患者生存和进展过程中发挥着重大意义。

　　图1. 在前期建模结果中找到10个差异甲基化基因，用于肝癌的早期诊断检测，特异性高达85.7%以上

　　图2. 聚类图显示ctDNA甲基化可区分疾病和正常组

　　图3. ctDNA甲基化应用：区分疾病与正常组、成瘤与否、治疗前后对比、手术后是否复发、癌症的分期和进一步确定传统分子标志物的准确性

　　案例2：ctDNA羟甲基化可作为人类癌症诊断的分子标志物

　　原文：5-Hydroxymethylcytosine signatures in circulating cell-free DNA as diagnostic biomarkers for human cancers

　　期刊：Cell Research 影响因子：15

　　本篇文章由复旦大学华山医院的刘杰教授课题组与芝加哥大学何川教授课题组合作，检测了不同癌症样本中ctDNA羟甲基化分布和水平。本文通过ctDNA羟甲基化检测技术，在全基因组范围内，检测癌症与健康人中ctDNA羟甲基化的水平。检测的癌症类型包括肠癌、胃癌、胰腺癌、肝癌、甲状腺癌，检测组织类型包括癌症及癌旁组织、血浆和白血球。结果发现，5hmC主要分布在基因组的转录活性区，可能与开放染色质和允许组蛋白修饰相关。同时，5hmC对特定癌症类型高敏感，如肠癌和胃癌。总的来说，ctDNA羟甲基化检测为日后仅通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。

　　图1. 不同类型疾病，ctDNA羟甲基化都可用于分子标志物研究

　　图2. ctDNA羟甲基化可区分组织类型

　　图3. 在肠癌和健康组中，单个基因羟甲基化水平的一致性很高

　　图4. 肠癌的不同分期中，ctDNA羟甲基化水平不同

　　图5. 胃癌及肠癌的ctDNA羟甲基化检出率很高

　　技术优势

　　一站式服务：客户只需提供样本，云序生物为您完成从ctDNA提取、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。

　　特异性富集ctDNA片段：云序生物具有丰富样本处理经验，采用最新ctDNA捕获试剂盒，富集效率高。

　　严格质控流程：云序生物质控流程严格，层层把关，为客户提供高准确度的结果。

　　专业化生物信息分析：云序生物强大的生物信息团队，可以满足客户个性化数据分析要求。

　　样本要求

　　1）样品类型：血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。