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一步法Crystal RT-数字PCR(Crystal RT-dPCR)直接进行RNA绝对...

2020.4.13

一步法Crystal RT-数字PCR(Crystal RT-dPCR)直接进行RNA绝对定量检测

一步法反转录-PCR(RT-PCR)广泛用于RNA分析,如基因组表达、病毒检测,从生命科学研究到诊断的许多领域,都有所应用。一步法Crystal RT-数字PCR实现了直接对RNA样本进行多重靶标基因的检测(内参基因、多重目标基因)和病毒RNA的绝对定量,无需标准曲线,同时实现了基因表达的细微差异的精确检测。

一步法Crystal RT-数字PCR技术(Crystal RT-dPCR)实现了同一个反应中,通过三个荧光通道进行三种不同的mRNA分析,可以显著且准确地区分1.5倍的基因表达差异(图1)。


图1:一步法Crystal RT-数字PCR(Crystal RT-dPCR)对人总RNA中mRNAs进行绝对定量

对人总RNA进行1.5倍倍比稀释,浓度变化范围0.06ng/µl-3.6ng/µl,通过一步法Crystal RT-数字PCR对GUSB、ALB和TSN的三种mRNA进行三重绝对定量检测。使用1x qscript XLT One-step RT PCR Toughmix® 和FAM-、HEX和Cy5-标记的三种TaqManTM 探针。重复三次的实验结果显示每个靶标基因均具有良好的线性,准确性和再现性。GUSB = 588. 8 cp / ng:ALB = 96.5 cp / ng:TSN = 980.6 cp / ng

低表达水平转录子的定量检测

对于背景高的总RNA中低丰度转录子的检测极具挑战,使用Crystal数字PCR技术在检测低比例的转录子定量检测具有出色的线性和重复性(图2A)。即使在高浓度总RNA背景的情况下荧光强度一致,反应效率不受影响(2μg-图2B)。


图2:一步法Crystal RT-数字PCR绝对定量检测高浓度总RNA中的mRNA 

对人总RNA进行2倍倍比稀释,浓度变化范围从2 µg 到125 ng,通过一步法Crystal RT-数字PCR对ALB的mRNA进行绝对定量。使用1x qscript XLT One-step RT PCR Toughmix®和HEX-标记的TaqManTM 探针。

线性图显示重复三次实验结果的准确性和重复性(A),并且在微滴荧光散点图中未观察到荧光的变化(B)。 RFU:相对荧光单位。 *每次反应27μL。

病毒RNA的绝对定量

登革热1型病毒DEN-1和其他三种相近的血清型可以产生致命风险,如登革热出血热、登革热休克综合征。一步法Crystal RT-数字PCR,可以实现2.5个小时内,在无需标准品和标准曲线的情况下,对登革热病毒载量进行绝对定量检测,快速,友好且适用于所有实验室和工作流程。

图3:一步法Crystal RT-数字PCR绝对定量DEN-1病毒载量 

将DEN-1病毒RNA(制造商通过数字PCR定量的标准品)中掺入300cp人总RNA作为背景,以ABL mRNA作为内参。使用1x qscript XLT One-step RT PCR Toughmix®,FAM探针检测DEN-1病毒,HEX探针检测ABL基因。线性拟合程度达0.99,重复性好。


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