基于单细胞数据理解细胞变化过程—拟时间序列分..（二）
图3 细胞轨迹图（按阶段分类）
当然，通过以上的分析结果，我们无法判断出来轨迹的开始，因此无法确定轨迹路线。所以，我们需要结合已有认知，通过函数识别包含时间为零的大多数细胞的状态，绘制拟时间轨迹图：
图4 拟时间轨迹图
得到上述拟时间轨迹图后，我们就可以根据不同的阶段分类，分别进行分类绘制，得到以下结果：
图5 State分类细胞轨迹图
有了基本轨迹图之后，我们可以用细胞差异基因排序得到的轨迹进行验证。可以看到，差异基因排序产生的轨迹与以非监督方法得到的轨迹非常相似，但它更“干净一些”。
图6 差异基因轨迹图及非监督聚类轨迹图
接下来，根据不同细胞状态，把不同的基因沿着不同的State分类进行作图，以展示基因变化过程。
图7差异基因各 State 表达散点图
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