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生物实验室实战经验分享(一)

2020.2.25

  平时在实验室最常听到的一句话就是“今天某某试验没做好是为什么?今天某某试验没出结果是什么原因?今天某某试验为什么会是这样的呢?” 等等。然后仔细一查找原因,往往是由于操作上面的不认真,或是一些小小的细节没有注意到。以下是集各路朋网友的一些实战经验,在此与大家分享。

  1. 跑page胶的时候

  小电压跑会避免高电压产生的热量尔导致的胶层变形。低电压泳道会比大电压泳道跑的直一些,且分离效果更高,有利于分子量相差不大的蛋白分离。

  2. 提取质粒的时候

  最后一步的酒精挥发很关键,基本上是其后续的酶切反应的决定性因素。所以这一步尽量挥发长一点时间,最好是空调吹热风,或是37度温箱放长一点的时间,我试过室温过夜,酶切很好。

  3. 做WESTERN BLOT 的时候

  大家往往会摸索一抗、二抗的浓度,封闭时间,曝光时间等等,而每次变换其中的一个条件就需要从新跑胶、转膜,甚至重新提蛋白,这样会浪费大量的时间。其实完全没有必要这样。一次转膜后,将PVDF膜晾干,裁减成小块,保存起来,用的时候取出一块,没有任何影响。这对于摸索条件的战友来说,节约了大量的时间。

  4. 有关缓冲液和培养基配置

  1)将缓冲液配方中的成分分别以10-100倍配成母液储存,需要的时候只需将相应的母液混合,补加水稀释即可。

  2)配培养基时通常会忘记各成分的量,如配LB时的三个成分不记得到底哪个是5g,哪个要10个,因此可以在常用的试剂瓶的标签上注明所需的量,如配LB时,在NaCl瓶外注明10g/L, yeast 5 g/L, tryton 10 g/L等,很方便,不需要每次配之前临时翻书。

  5. 有关PCR主反应液配置

  在做克隆鉴定的时候经常需要在酶切鉴定前进行PCR鉴定,每次配置PCR反应液很繁琐,可以将其配置类似kit的形式,按你需要的反应体系列表,然后放大100倍配置100×主反应液(100次反应),其中含buffer,Mg2+,dNTPs,但不含引物和Taq酶,然后可以10×分装或一管储存在-20度,在需要的时候拿出融开,然后按所需的PCR反应个数吸取相应的倍数,再补加相应反应倍数的Taq和引物,混匀后分装,这样做的好处如下:

  1)可极大的节省宝贵的时间,可早点收工,看球;

  2)避免每次反应加样不均的可能;

  3)大大减少PCR假阳性的产生。

  6. 有关酶切反应液的配置

  在做酶切时,也可以象PCR一样配置主反应液,每次反应前先列好反应的体系,算好需要的反应数,然后按所需反应的体系按所需反应数放大,加入buffer、酶、水,质粒栏空缺,然后混合后按除质粒DNA的体积分装,然后再在每管中加入相应体积的质粒DNA酶切,这样做的好处如下,特别是当同时有10几个阳性克隆需要鉴定时尤为明显:

  1)各反应成分均一;

  2)可大大减少限制型内切酶的使用;

  3)节省时间。

  7. 有关SDS-PAGE:

  1)可将SDS-PAGE的积层胶,分离胶预先配好大体积如100ml储存在4度冰箱(注:10%AP,TEMED不加,切记!!!),每次配置时只需吸取相应体积的预制胶加入AP,TEMED即可,没必要每次制胶时候翻分子克隆,特别方便,而且,这样的预制胶可储存半年以上,不失为偷懒的绝佳方法;更关键的是可大大减少与丙稀酰胺的接触,因此大大减少中毒的机会。2)电泳时虽然小电泳分离效果要好一些,但2小时以上的等待的时间实在是痛苦,因此可以提高电泳至150V,但需要将整个电泳槽放在放满冰水的脸盆里散热,这样跑出来的胶分离效果丝毫不比低电压来的差,关键是时间大大节省,不需1h即可看结果了。

  8. 实验中小窍门

  能够分成两类:一类是“非常规”操作;一类是常规操作过程中一些省时省事手段。

  前一类,举个例子:有时候第一天涂的转化平板、次日早晨转化子可能长成的菌落比较大(1~2毫米以上,BL21就长得快),下一步转化子做质粒鉴定。这个情况下可以直接挑取一块菌苔(勿带出培养基),50微升酚/氯仿悬浮菌体,放置两分钟,加40微升TE抽提,上层TE吸出后再氯仿抽提一次,吸取上层TE即是质粒提取液。提取的质粒可以直接用于电泳和酶切。这样操作,可以省去转接液体试管的培养步骤,至少节省6~8小时的时间。但是,要在各步骤都控制得很好的情况下才能保证提取和酶切的效果,不同的实验室或者操作者未必能够很方便地重复----其实,其它的一些“小窍门”也是如此。

  后一类的小窍门则在实验室中无处不在。如:平行作不同样本的PCR,模板DNA加量一样,配置PCR体系可以一起配制后分装----这点做过试验的都知道,但是配制的时候配制量可以比预期分装量稍多一点(如用100微升则配110微升),这样可以避免有时候分装不够的尴尬,因为不同特别是大小不同的枪,会有误差。再比如:楼上有站友说的sds-page胶预配(APS和TEMED、或者后者先不加)的问题,实际上时间放置过长肯定影响效果,如果要在一天内连续地跑两次板,何尝不可?又比如,配sds-page胶的时候,上层胶和下层胶可以只用一个大枪头:先取胶,次取水,取6.8的tris后再取8.8的tris,省时省料。

  20021108站友开的这个帖子很好,在上上层楼的帖子说得也有道理。但我想,“窍门”和“偷懒”不应该是因果关系。其实,不管是那一类的小窍门,都是在充分地理解实验各步骤的原理、经过多次试验积累、再加上一点点思索然后尝试的结果。知其然知其所以然和勤于思考敢于探索,是根本。否则,别人的小窍门对你也未必能够有用。才进实验室的新手,务必要先练好规范扎实的操作,然后才能弄“窍门”。本末倒置,贻害无穷。

  9. SDS -PAGE的积层胶

  分离胶预先配成mixture,APS制胶时加入,半年内使用,绝对没有问题,我保证。

  10. 做SDS-PAGE的时候

  除了蛋白量上样一致,最好体积也一致,这样跑出来的胶各个泳道之间的band能做到一样宽,方便后面的比较,特别是WB。做法就是拿1X的上样缓冲补全要加的样做到体积一致,否则跑出来会有的宽有的窄,特别是上样体积相差较大的。

  11. 在把蛋白胶做成干胶时

  很多时候会因为有气泡使胶裂掉,我的经验是在做胶时加上层膜前在胶上多加些水就不容易进气泡了,还有就是高温烘胶,我喜欢放到60度烘箱里烘,这样水分蒸发速度快,即使有一些小的气泡也不会有影响,呵呵,这是经验之谈,我从来都没失手过,大家可以试试。

  12. 做大肠表达时

  确定蛋白是否表达一般要煮样做诱前诱后检测,但很多时候煮出来的很黏影响跑胶效果.我发现如果现用8M Urea重悬细菌再煮效果会有极大改善。


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