国际知名学者综述：LncRNA分类
美国St. Laurent Institute的Philipp Kapranov教授，是基因组学与系统生物学领域具有重要国际影响的专家，长期从事系统生物学和基因组功能方面的研究，其发现人类基因组能够产生大量的有功能作用的非编码RNA，在概念层次上重新定义了“基因”，这一发现被Science选为最近10年内的10大发现之一。近十年在该领域累计发表国际高级别学术期刊论文50多篇，其中Nature、Science、Cell等国际顶尖期刊论文共计15篇。2014年4月，Philipp Kapranov作为华侨大学生物医学学院特聘教授，成功入选国家第四批“外专千人计划”。
长非编码RNA的研究越来越火热，延伸阅读：一个lncRNA可能是成功受孕的关键。但你是否注意到，lncRNA的命名和分类依然混乱。四月十日，Philipp Kapranov教授在Cell子刊《Trends in Genetics》发表题为“The Landscape of long noncoding RNA classification”的综述，探讨了lncRNA分类上的种种问题。迈阿密大学医学院的Claes Wahlestedt也是本文共同通讯作者。
曾经，人们认为转录组主要由mRNA所组成，而高通量测序技术的发展和ENCODE项目为我们揭开了一个完全不同的世界。非编码RNA才是真正的主角。除了那些众所周知的RNA（如tRNA、rRNA），许多不同类型的调控RNA也进入我们的视线。
长链非编码RNA（lncRNA）是一类转录本长度超过200 nt的RNA分子，它们不编码蛋白。lncRNA的表达受到发育调控，是组织和细胞特异的。相当一部分lncRNA只位于细胞核内。它们包含许多类型的转录本，在结构上类似mRNA，有时也转录成编码基因的反义转录本。lncRNA被认为执行了重要的调控功能，也与疾病发展息息相关。
随着转录组测序深度和质量的最新发展，研究人员已经揭露出许多新类型的长非编码RNA（lncRNA）。随着这些新的发现，lncRNA分类已如雨后春笋般出现，然而非编码转录组的实际大小和复杂性，仍然是未知的。
虽然特定lncRNAs功能性的证据继续积累，但是不一致、混乱不清和重叠的术语带来了歧义，并使这个领域通常不够明晰。缺乏基本的概念明确的分类框架，致使非编码转录组数据的注释和解释都受到了诸多挑战。它也可能会破坏为阐明lncRNA功能的新基因组方法和数据库的整合。
在这项研究中，研究人员回顾了现有的lncRNA分类、命名和术语。然后，研究人员描述了已经出现的概念性指南，可根据系统生物学大数据集的不断扩大和更综合运用，进行lncRNA的分类和功能注释。
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