真菌的起源与演化
真菌的起源、演化和系统发育的研究，最初是根据比较形态学和细胞学的资料。20世纪80年代后，随着科学技术的发展和新技术的广泛应用，例如G-C含量、胞壁的多糖组分和结构的研究、各类真菌色氨酸生物合成途径的酶沉降图型、赖氨酸的两种不同合成途径以及rRNA序列的研究等，都推动了真菌起源和演化的研究。
起源
真菌在地球上存在了多长时间还不清楚，对真菌的起源也没有确切的结论。真菌的有些特点和植物相似，然而在某些方面又和动物有相似之处。二十世纪80～90年代，根据营养方式的比较研究，真菌不是植物也不是动物，而是一个独立的生物类群——真菌界。
①起源多元论：根据性器官的形态及交配方式，认为真菌来自藻类。壶菌目自原藻演化而来，水霉目演自无隔藻，毛霉演自接合藻，子囊菌和担子菌由红藻演化而来，这些藻类因丧失色素而从自养变成异养，生理的变化引起了形态的改变。这就是真菌起源的多元论观点。
②鞭毛生物起源论：认为绝大多数真菌是起源于一种原始水生生物——鞭毛生物，单细胞，具一至数根鞭毛，有的有叶绿素和其他色素，有的无色素，具色素的演化为藻类，无色素的演化为菌类。真菌和藻类都起源于鞭毛生物。
演化
①生活方式上：水生真菌是原始型，演化的过程是由水生到陆生，并且推测在演化过程中还可能返回水生的习性。从而认为具有鞭毛的游动孢子较原始，而不游动的静止孢子是相对进化的。
②营养方式上：腐生方式是原始的生活类型，寄生生活方式比腐生生活方式高级。专性寄生生活方式比兼性寄生生活方式高级，最高级的生活方式是特异性的专性寄生方式。
③真菌结构上：由简单到复杂，再由复杂退化和失去特殊的结构，使结构简单化。
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