内含肽的分离纯化
内含肽具自切割特性的这种特性而实现目标蛋白与亲和标签分离的目的。内含肽在蛋白质纯化中的应用修饰后(位点特异性突变)的内含肽经诱导能够介导N端或C端单侧肽键断裂。首先将编码亲和标签、内含肽及目标蛋白的基因序列连接在一起，在合适的宿主系统中表达出一个标签-内含肽-目标蛋白的三联体，利用修饰后的内含肽构建的蛋白纯化载体可以将目的蛋白直接融合表达于内含肽的N端或C端，几丁质结合域(chitin binding domain，CBD，5kDa，环状芽孢杆菌)融合表达于内含肽的另一端或内部。当这个“三元”融合蛋白复合物流经结合有几丁质的亲和纯化柱时，再利用固定在树脂上的配体吸附三联体的标签而截留融合蛋白，随后在某些简单的理化因素作用下(如pH、温度的变化或者巯基化合物的加入)该三联体从内含肽的N一端或者C端端发生自切割释放目标蛋白，而此内含肽与CBD的复合物结合在亲和纯化柱上，目的蛋白直接洗脱下来。
传统的亲和纯化方式是指利用基因融合技术将亲和标签和目标蛋白进行融合表达质，再依靠亲和标签与固定化的配体之间的特异性吸附作用实现目标蛋白的分离纯化。通常情况下，通过亲和层析得到的融合蛋白，需再经过蛋白酶的水解用移除亲和标签以得到纯化的目标蛋白质。在实验室规模的应用中，亲和纯化方式有着简单而方便的优点，但也存在着一些缺陷。一方面，为了消除亲和标签常常需要外加蛋白酶。尽管设计之初在融合标签与目的蛋白质之间引入了能够被蛋白酶特异性识别并切割的连接片段， 但仍然存在着目标蛋白质被意外切割的情况：再者，后期对蛋白酶的清除过程以及蛋白酶本身较高的价格也增加了蛋白质纯化的成本。另一方面，亲和树脂及缓冲液的高制造成本也进一步加大了蛋白质纯化的代价， 而在大规模的生产应用中， 成本因素往往是必须考虑的一个重要方面。
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