mNGS快速鉴定人类鼻病毒 溯源医院感染暴发
导读：基于宏基因组的二代测序技术 (mNGS) 具有病原菌阳性检出率高、快速、无偏倚等特点，被用于探究疑难感染病的病因。本研究使用mNGS技术调查呼吸科人类鼻病毒 (HRV) 感染的暴发源头，推动mNGS监测和预防临床感染病暴发的临床转化。
原文引用：
Greninger, A. L., Waghmare, A.,
et al. (2017). Rule-Out Outbreak: 24-Hour Metagenomic Next-Generation Sequencing for Characterizing Respiratory Virus Source for Infection Prevention. Journal of the Pediatric Infectious Diseases Society, 6(2), 168-172. DOI:10.1093/jpids/pix01
1、事件描述
西雅图儿童医院对呼吸系统出现症状的患者采集鼻咽拭子，采用常规实验检测呼吸道病毒。在连续三周内，常规实验检出4例医院内HRV感染阳性患者，一例患者家属和护理人员出现轻微呼吸系统症状。4例患者SCH107、SCH108、SCH109和SCH110在HRV检测阳性前均因患有原发疾病已至少住院1个月，且病房相邻。其中SCH110确诊在第17-21天病情缓解后与SCH109同住，在第22天与SCH109均检出HRV阳性。医院怀疑出现HRV院内感染，采用mNGS技术以社区内出现的HRV阳性患者为对照进行样本的全基因组测序。
2、mNGS结果
在对4例案例和5例门诊患者的HRV全基因、其余门诊患者的部分基因组进行测序后，mNGS检出该16个样本内有15个 (94%) 样本含有HRV序列读数。结果表明在15例样本中有2例亲缘关系最近的HRV基因组可以溯源至172年前的共同祖先，它们之间的亲缘关系较远，因此排除了医院内HRV感染相继引发患者发病的忧虑。
3、mNGS溯源医院感染暴发，排除院内感染可能
mNGS从样本接收到进化分析的交付周期只有24h，可快速地进行病原菌的全基因组测序和各病例菌株之间的进化分析，判读HRV医院内或者社区内暴发与否，进而帮助医院和社区采取及时、有效的预防措施阻止或减缓疾病暴发。
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