概述割裂基因的由来
现在割裂基因的原始形式是怎样的呢? 有两种模型，“内含子占先(Introns early)”模型支持内含子总是基因的整体部分。认为基因起始于割裂的结构，没有内含子的基因是在进化过程中丢失的。“内含子滞后(Introns late)”模型认为原始蛋白质编码单位由非割裂的DNA 序列组成，内含子是随后插入进去的。
检验这些模型的方法是明确真核和原核基因的区别，是否等同于真核基因中内含子的获得或者原核基因中内含子的丢失。
内含子占先模型表明，基因的镶嵌结构是基因重组从而产生新蛋白质的一种原始方法。试想，早期细胞有许多不同的蛋白质编码区域，其进化的一个方面很可能是不同多肽链单位重新组合和并列，从而产生新的蛋白质。
如果蛋白质编码单位必须是连续的密码子序列，重新创造这种序列将需要精确的DNA重组，从而使两个蛋白质编码单位并列，以同样的读码框头尾相接。并且，如果这种重组没有成功，却失去了原始的蛋白质编码单位，细胞必然受到破坏。
但是如果DNA 重组能将两个蛋白质编码单元置于一个转录单位中，剪接模式将在RNA水平上获得突破，从而将两种蛋白质放在一条多肽链中。而且如果重组并不成功，原始的蛋白质编码单位仍能被应用。这种方法必然使细胞尝试限制RNA 删除，而不至于在此过程中引起DNA 稳定性破坏。
如果现在的蛋白质通过组合本来就分离的原始蛋白质来进化，单元增长很可能在随后的一段时间内发生，每次增加一个外显子。放置在一起的基因，可以从它们的结构中判断其不同功能吗？换言之，我们能够将当前蛋白质与个别外显子等同起来吗？
某些情况下，基因结构与蛋白质之间有明显的关系。一个很好的例子是免疫球蛋白，它是由每一个外显子与已知的蛋白功能区域相对应的基因编码的。免疫球蛋白是两条轻链和两条重链组成的四聚体，它们一起产生了具有几个不同区域的蛋白质。轻链和重链的结构不同，并且有几种类型的重链。每一类型的链都是由一系列的外显子表达的，外显子与蛋白质的结构域相一致。
有很多基因的外显子能够被确认有特定的功能。在分泌蛋白质中，第一个外显子编码多肽的N 端结构域，能够识别跨膜分泌中涉及的信号序列，如胰岛素基因。
有时基因进化涉及外显子的复制，从而在蛋白质中产生整体复制的序列。例如，鸡胶原蛋白质的54bp 外显子被多次复制，产生一系列54bp 或其整数倍的外显子。
只有少部分相关基因间相同的序列可能代表外显子，这些外显子可在基因间转移或重新集结(Recruit)。例如人类膜低浓度脂蛋白(Plasma low density liproptein，LDL)受体和其他蛋白质的关系(图2.30)。LDL 受体基因中有一系列的外显子，它们与表皮生长因子(Epidermal growth factor，EGF)前体基因外显子相关。在蛋白质的N端，一系列外显子编码与血液中C9 补体(Complement factor)相关的序列。因此LDL 受体基因是由广泛的功能单元重组而获得，这些单元也在其它蛋白质中使用。
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