蛋白电泳干货集中营!
本期,我们从蛋白电泳支持中心的“1D蛋白质凝胶电泳”版块中,精选了5个最常见的问题。快看看有没有解开你曾经的疑惑?
关键词
NuPAGE Bis-Tris凝胶 -中性pH体系胶,守护蛋白完整性
NuPAGE Tris-乙酸凝胶 -高分子量蛋白分离利器
Novex Tris-甘氨酸凝胶(WedgeWell楔形孔) -超大上样量
1D蛋白质凝胶电泳的五大常见问题
Q:NuPAGE™凝胶比Novex™ Tris-甘氨酸凝胶具有哪些主要优势?
稳定性更高,保质期更长——NuPAGE™ Bis-Tris凝胶和NuPAGE™ Tris-乙酸凝胶的操作pH(pH 7)低于Novex™ Tris-甘氨酸凝胶(pH 8.1)。在碱性pH下,聚丙烯酰胺水解为聚丙烯酸和氨,而中性pH可减少这种水解的发生。因此,NuPAGE™凝胶比Novex™ Tris-甘氨酸凝胶的稳定性更高,保质期更长。
蛋白质分辨率更高——在碱性pH(8.5-9.0)下,游离的丙烯酰胺可使蛋白质烷基化,其靶点是位于N端和赖氨酸上的氨基和半胱氨酸上的巯基。当pH低于8时,不会发生这种修饰。因此,与Tris-甘氨酸凝胶电泳相比,蛋白质在NuPAGE™凝胶上电泳将更少发生这类意外的化学修饰。
蛋白质水解减少——加热Tris-甘氨酸样品缓冲液(pH 6.8)可使pH大幅降低,导致蛋白质的Asp-Pro断裂。高温和长时间加热/煮沸(100℃下pH降低至4.3)会增加这种断裂的发生率,导致出现多条较弱的带。而NuPAGE™ LDS样品缓冲液(pH 8.5)加热至70℃时,pH降低至8.1,可避免发生这种断裂。
电泳时间更短——NuPAGE™ Bis-Tris凝胶仅需35–50分钟,NuPAGE™ Tris-Acetate凝胶仅需1小时,而Tris甘氨酸凝胶则需90分钟。
Q:NuPAGE™样品缓冲液中使用LDS,而不是SDS?
NuPAGE™ 4X样品缓冲液的pH(pH 8.5)比普通Laemmli样品缓冲液(pH 6.8)高很多,在pH 8.5时,加入4X缓冲液所需浓度的SDS会产生沉淀。此外,LDS(十二烷磺酸锂)更稳定,用于变性同样有效。
Q:为什么我的蛋白质凝胶上有一个样品出现了拖尾或“皱眉”形状?
Q:有些凝胶泳道中的蛋白质条带呈不规则形或波浪形,可能原因是什么?
这可能是由于:
胶孔中有碎片
样品含盐量高(确保盐浓度不超过50–100 mM)
电泳缓冲液存在问题
制胶错误
Q:我在从NuPAGE凝胶上转印大分子量蛋白质时出现问题,能否帮我排除故障?
对于大于100 kDa的蛋白质,建议在安装“三明治”前,将凝胶置于含0.02–0.04% SDS的2X转膜液(无甲醇)中预平衡10分钟,然后使用含甲醇和0.01%SDS的1X转膜液进行转膜。
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