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青年科学家徐书华:在计算生物学领域攻城拔寨

2013.7.02

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  2012年,当他荣获中国科学院青年科学家奖时,却根本没有时间去关注这件涉及自己“名誉”的事。“我还要忙科研的事”,因为有着梦想与坚持,他收获了比别人更多的成果。他就是年仅35岁的中科院马普青年科学家小组组长徐书华。

  10年来,中国科学院马普青年科学家小组组长徐书华扎根国内从事群体遗传学的研究,系统研究了混合人群的连锁不平衡和遗传结构,构建了首张欧亚混合人群的基因定位图谱;首次从遗传学角度利用遗传混合分析方法估计了东南亚人群的扩张时间;从基因组水平揭示了亚洲人群精细遗传结构和基因组混合模式,乃是迄今最系统全面的研究。

  性格决定命运,必然寓于偶然

  徐书华一再向《中国科学报》记者表示:“自己做得不算成功,只是在每天快速流逝的时间中,做自己应该做的事情而已。”对于自己的成长经历,徐书华总结为“平淡无奇”四个字。

  在被问及最初是怎么选择走上科研这条道路的时候,徐书华认真思考后却有点无奈地说,其实自己也不知道从什么时候开始,科研已经成为了他的既定轨迹。“小时候我也没有想过要做科研,在某种程度上,我走上科研的道路是很偶然的,最后回头看时却是一种必然。”

  自高考误打误撞选择生物专业开始,徐书华就与科研结下了不解之缘。而真正激发他科研热情却是在7年后去复旦大学攻读博士学位的时候。

  “那是很宁静、很有幸福感的一段时光。虽然别人未必会看好自己所做的东西,但是自身却能全身心投入,做得津津有味。而且没有什么功利之心,也没有想过是否有立竿见影的效果,甚至自己毕业之后会去哪里以及做什么工作似乎也没有那么重要。现在想来,那种心态真的对科研工作很有益处。”

  坚持遗传研究不动摇

  徐书华的科学研究生涯起点恰逢基因组时代的到来。2003年开始博士生生涯的徐书华在接触到大量数据之后,意识到必须通过计算机编程才能实现对海量数据的分析工作。他用了一个月的时间,学会了C语言,并马上着手写代码,分析数据,从此走上了programming(编程)的道路。

  提起初学计算生物学的经历,徐书华感触颇深,说自己变得很自由,在有了自己的随身装备之后,只要能查文献、拿到数据,仿佛任何事情的发展都随着自己感兴趣的方向了,一时间,踌躇满志,似乎什么事情都可以做。

  而他的博士生导师、复旦大学金力教授非常鼓励自己的学生开拓感兴趣的课题,并给予学生足够的空间去发挥。从那个时候起,徐书华开始做自己最感兴趣的方向:人群迁移过程中由于基因交流形成的混合人群及其特殊遗传结构特点。

  2006年从复旦大学毕业后,徐书华进入刚成立不久的中科院上海生命科学院计算生物学研究所(中科院—马普学会计算生物学伙伴研究所)工作。

  马普研究所成立了一个对出国经历没有硬性要求的青年科学家小组,人尽其才,营造出“不拘一格降人才”的良好氛围。徐书华的工作得到了德国马普学会的认可,2011年竞聘成功后,成为马普和中科院共同支持的青年科学家小组组长。

  在徐书华的办公室里,一张一半贴满了便利贴、一半写满了数学公式和流程图的白板最引人注目,而这只是冰山一角,据了解,他的电脑里面百分之八十的想法都还没有实现。

  计算与实验并行

  将“干性”研究和“湿性”研究结合起来,是计算生物学所建所理念之一。但目前计算所还是以做“干性”的计算为主,只有为数不多的几个课题组具有“湿性”实验室,并且实验系统也不是很健全。怎样将二者有机结合起来呢?这是众所关注的一个问题。

  在研究生阶段也从事过实验操作的徐书华认为,生物学实验是永恒的,一切“干性”研究的发现和预测最后还是需要“湿性”实验来确证。计算在绝大多数时候,都是作为技术支撑而存在的。但不管是实验还是计算,在科学研究中都扮演着自己特定的、不可替换的角色。更重要的是,计算和实验的有机结合是一个具有很强需求性的过程,在解决不同问题的时候,需要也不同。在课题的起始阶段,需要数据的搜索、整合。

  徐书华的实验室还是以计算为主,他通常会以合作的形式,以彼之长补己之短,既避免了资源的浪费,也保证了研究工作的顺利开展。对于需要参与“干湿”合作课题的学生,徐书华也会尽量提供机会使其接触一些实验方面的知识与技能,便于合作双方的沟通,将实验与计算的结合优势发挥到最好。

  授人以渔是最大骄傲

  作为一个近20位成员的研究组负责人,徐书华现在非常繁忙,常常晚上回家安顿好孩子后又折回办公室工作到凌晨。即便如此,他还是坚持工作在第一线,自己写程序,跟进前沿技术,保持科研的敏感度,另一方面也可以很快知道学生的工作进展,有问题也能及时提出。

  徐书华自嘲说,每当有新学生进来自己都会紧张一阵,对他而言,培养好一个学生责任太重大,极具挑战性。“对于不同的学生,也需要量体裁衣,学生的发展和课题的成败都与此有关,所以老师最希望的还是能够培养出优秀的学生。”

  上海生科院的研究所都有新生轮转(rotation)选择导师的机制。在新生rotation的时候,徐书华首先会让他一一接触正在做的课题,看自己最感兴趣的是什么,然后对其感兴趣的方向进行课题设计。

  学生刚开始写科研论文,写出来的论文常常让自己的导师无从下笔改起,有些导师会迅速自己重写一份投稿。而徐书华却非常认真地对待自己学生写的每一份论文,包括笔者所发送过去确认的稿件,都会进行细致的审查和修改,密密麻麻的批注让学生看到自己应该在什么地方有所改进。

  徐书华希望学生们能够乐观积极地面对科研、人生中的各种问题,在人生的经历中磨炼自己的意志。并且在不知道未来会发生什么的情况下,作好各种准备,厚积而薄发。

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