实验室分析技术--基于HPLC-MS/MS的蛋白质组学技术
基于高效液相色谱串联质谱(HPLC-MS/MS)的蛋白质组学技术的发展主要取决于液相色谱-质谱联用分析设备、样品分离和制备技术、鉴定以及生物信息学。目前,shotgun鸟枪法是最常用的大规模蛋白质鉴定策略。如下图所示,在自下而上分析策略中,蛋白质通过蛋白水解酶水解成肽的混合物,然后通过色谱法或亲和分离技术进行分离,最后通过质谱检测碎裂离子。通过数据库搜库将质谱与数据库中蛋白质理论消化产生的谱进行匹配,并根据一系列指标进行评分,实现肽谱匹配(PSM),并最终完成蛋白质组鉴定。而在基于自上向下的蛋白质组学分析策略中,可以直接从样品中分离和检测完整的蛋白。与自下而上的方法相比,自上向下分析策略能提供更多保存蛋白物种的信息。这两种分析策略促进了疾病和癌症的蛋白质组学研究。
自下而上(a)和自上而下(b)基于质谱法的蛋白质组学工作流程(Jeong K等,2020)
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